Его первым избранным ректором стал бывший генерал царской армии, крупный ученый-историк, специалист по древнерусской палеографии Никандр Александрович Маркс. В том же сентябре 1920 года был создан и Институт народного образования. Голод и финансовый кризис в Советской России привели к упразднению многих вузов, в том числе и Кубанского госуниверситета. Студенты и преподаватели университета перешли в единственный сохраненный вуз – Институт народного образования, который был переименован в Кубанский высший педагогический институт.

19 сентября 1924 года постановлением Совнаркома РСФСР Кубанский высший педагогический институт был утвержден в числе других педагогических институтов страны, находившихся на бюджетном финансировании. В нем было создано шесть учебных отделений. В 1931 году временно он был переименован в Кубанский агрономический педагогический институт, в 1933 году – в Краснодарский государственный педагогический и учительский институт им. 15-летия ВЛКСМ. В конце 40-х годов вуз уже носил официальное название Краснодарский государственный педагогический институт им. 15-летия ВЛКСМ. 18 февраля 1970 года Краснодарский государственный педагогический институт был преобразован в Кубанский государственный университет.

По прошествии 12 лет, в 1982 году, комиссия ЦК КПСС, анализировавшая деятельность вуза, дала заключение: вуз недалеко ушел от уровня пединститута. Желание опровергнуть такую оценку, реализовать свой потенциал и доказать состоятельность университета заставило коллектив университета искать свой путь стремительного развития. Он был найден в идее совершенствования учебного процесса на основе опережающего развития науки, укрепления связей с производством, заимствование опыта МГУ, ЛГУ, АН СССР. Коллектив вуза во главе с избранным в 1982 году ректором Владимиром Андреевичем Бабешко начал преобразование университета.

Вузу была оказана солидная материально-техническая помощь, позволившая включиться коллективу в серьезные научные исследования. Среди приглашенных профессоров много выпускников МГУ, ЛГУ, НГУ, РГУ и других известных вузов. Наличие в то время в Краснодаре больших оборонных заводов в значительной степени предопределило тематику вуза, вступившего в ХНО. Министр образования СССР И.Ф.Образцов, президент Академии наук СССР Г.И.Марчук, ряд руководителей крупных отраслей побывали в университете с визитами. Вуз уверенно встал на рельсы быстрого развития, почувствовал свои возможности, и к концу 80-х годов его научная тематика относилась к категории важнейшей по ряду направлений. Например, по мембранным технологиям Кубанский госуниверситет был головным учреждением при Госкомитете СССР по науке и технике.

В 1991 году рухнула экономика, развалился Союз, страна изменилась до неузнаваемости. Но не изменились в вузе люди. Мгновенное исчезновение заказов на научные исследования побудили ученых вуза формировать новые научные направления в соответствии с требованиями рынка. В этом процессе ученым значительно помогли научные заделы высокого уровня и усовершенствование технических средств. Все это позволило КубГУ найти свою нишу и в новых условиях.

Кубанский государственный университет сегодня – это признанный в стране и мире крупный образовательный и научный комплекс. В 2002 году Кубанский госуниверситет награжден Российско-Швейцарским бизнес-клубом золотой медалью за безупречную деловую репутацию, а в 2004 и 2005 годах вошел в сотню лучших вузов России и отмечен золотой медалью «Европейское качество».

В 2009 году, согласно рейтингу независимого рейтингового агентства «РейтОР», Кубанский государственный университет вошел в число лучших университетов мира. КубГУ занял 314 место в мире, став 10-м среди российских вузов и опередив все учебные заведения Южного федерального округа.