Tā ir seno jūrniecības izglītības tradīciju turpinātāja Latvijā. Pirmā ar jūrniecību saistītā mācību iestāde Latvijas teritorijā dibināta Rīgā 1789. gadā, saukta par Rīgas Navigācijas skolu, un darbojusies līdz 1820. gadam.

Savu darbību LJA sāka 1989. gadā pie Kaļiņingradas zivju rūpniecības institūta Rīgas neklātienes filiāles, tāpēc par LJA dibināšanas datumu tiek uzskatīts 1989.gada 1.oktobris, kad pirmie studenti sāka studijas. No 1990. gada 25. jūlija Latvijas Jūras akadēmiju kļuva par Rīgas Tehniskās universitātes fakultāti. Kā patstāvīga mācību iestāde Latvijas Jūras akadēmija durvis vēra 1993. gada 8. janvārī. Pirmais izlaidums LJA notika 1994. gada 18. jūnijā. Šajā dienā Rīgas Doma baznīcas prāvests J. Liepiņš iesvētīja LJA karogu, ko darinājusi tekstilmāksliniece Ārija Vītoliņa. Kopš tā laika augstākā līmeņa profesionālo kvalifikāciju ir ieguvuši vairāk kā 1000 jūrniecības speciālistu. LJA absolventi ir stabili nodrošināti ar darbu, pieprasījums pēc viņiem gan Latvijas, gan starptautiskajā kuģu virsnieku darba tirgū ir pieaugošs.